COVID 19

Latar Belakang Dataset

Sejak akhir tahun 2019, seluruh dunia telah digemparkan dengan semakin meningkatnya wabah Corona Virus -19 (Covid-19). Penyakit ini tidak hanya membuat kepanikan, namun banyak memakan korban jiwa. Covid-19 saat ini menjadi trend pembicaraan, perdebatan, diskusi dan bahan berita di medis cetak ataupun medis elektronik. Saat ini trend Covid-19 selalu menjadi trend nomor satu dan trending topic di semua media social tanpa terkecuali.covid-19 pertama kali diidentifikasi di Wuhan, ibu kota provinsi Hubei, China.Virus ini telah menunjukkan bukti penularan dari manusia ke manusia. Tingkat penularan (rate of infection) tampaknya meningkat pada pertengahan Januari 2020. Per 30 Januari 2020, sekitar 8.243 kasus telah dikonfirmasi

Pertanyaan Analisis

  1. Bagaimana perbandingan antara kematian dengan sumbuh?
  2. Bagaimana grafik terkonfirmasi covid-19 pada beberapa benua?

Exploratory Data Analysis (EDA)

Import Library

library(heatmaply) #Untuk plot heatmap Missing Data
## Loading required package: plotly
## Loading required package: ggplot2
## 
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout
## Loading required package: viridis
## Loading required package: viridisLite
## 
## ======================
## Welcome to heatmaply version 1.3.0
## 
## Type citation('heatmaply') for how to cite the package.
## Type ?heatmaply for the main documentation.
## 
## The github page is: https://github.com/talgalili/heatmaply/
## Please submit your suggestions and bug-reports at: https://github.com/talgalili/heatmaply/issues
## You may ask questions at stackoverflow, use the r and heatmaply tags: 
##   https://stackoverflow.com/questions/tagged/heatmaply
## ======================
library(visdat) #Untuk plot Missing Data
library(reshape2) #Modifikasi DataFrame
library(tidyr) #Modifikasi DataFrame
## 
## Attaching package: 'tidyr'
## The following object is masked from 'package:reshape2':
## 
##     smiths
library(ggplot2) #Plot
library(psych) #Pair Plot
## 
## Attaching package: 'psych'
## The following objects are masked from 'package:ggplot2':
## 
##     %+%, alpha
library(DataExplorer) #Corelation Plot

Mengakses Data

df  <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/dwipaprasetyo/PSDS_Kelas_Dasar_3.0/main/country_wise_latest.csv", stringsAsFactors = T)
df[df==""] <- NA
df[0:5,]
##   Country.Region Confirmed Deaths Recovered Active New.cases New.deaths
## 1    Afghanistan     36263   1269     25198   9796       106         10
## 2        Albania      4880    144      2745   1991       117          6
## 3        Algeria     27973   1163     18837   7973       616          8
## 4        Andorra       907     52       803     52        10          0
## 5         Angola       950     41       242    667        18          1
##   New.recovered Deaths...100.Cases Recovered...100.Cases Deaths...100.Recovered
## 1            18               3.50                 69.49                   5.04
## 2            63               2.95                 56.25                   5.25
## 3           749               4.16                 67.34                   6.17
## 4             0               5.73                 88.53                   6.48
## 5             0               4.32                 25.47                  16.94
##   Confirmed.last.week X1.week.change X1.week...increase            WHO.Region
## 1               35526            737               2.07 Eastern Mediterranean
## 2                4171            709              17.00                Europe
## 3               23691           4282              18.07                Africa
## 4                 884             23               2.60                Europe
## 5                 749            201              26.84                Africa

Dimensi Data

dim(df)
## [1] 187  15

Artinya kita memiliki data dengan 15 kolom dan 187 baris

Variabel Pada Dataset

names(df)
##  [1] "Country.Region"         "Confirmed"              "Deaths"                
##  [4] "Recovered"              "Active"                 "New.cases"             
##  [7] "New.deaths"             "New.recovered"          "Deaths...100.Cases"    
## [10] "Recovered...100.Cases"  "Deaths...100.Recovered" "Confirmed.last.week"   
## [13] "X1.week.change"         "X1.week...increase"     "WHO.Region"
str(df)
## 'data.frame':    187 obs. of  15 variables:
##  $ Country.Region        : Factor w/ 187 levels "Afghanistan",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
##  $ Confirmed             : int  36263 4880 27973 907 950 86 167416 37390 15303 20558 ...
##  $ Deaths                : int  1269 144 1163 52 41 3 3059 711 167 713 ...
##  $ Recovered             : int  25198 2745 18837 803 242 65 72575 26665 9311 18246 ...
##  $ Active                : int  9796 1991 7973 52 667 18 91782 10014 5825 1599 ...
##  $ New.cases             : int  106 117 616 10 18 4 4890 73 368 86 ...
##  $ New.deaths            : int  10 6 8 0 1 0 120 6 6 1 ...
##  $ New.recovered         : int  18 63 749 0 0 5 2057 187 137 37 ...
##  $ Deaths...100.Cases    : num  3.5 2.95 4.16 5.73 4.32 3.49 1.83 1.9 1.09 3.47 ...
##  $ Recovered...100.Cases : num  69.5 56.2 67.3 88.5 25.5 ...
##  $ Deaths...100.Recovered: num  5.04 5.25 6.17 6.48 16.94 ...
##  $ Confirmed.last.week   : int  35526 4171 23691 884 749 76 130774 34981 12428 19743 ...
##  $ X1.week.change        : int  737 709 4282 23 201 10 36642 2409 2875 815 ...
##  $ X1.week...increase    : num  2.07 17 18.07 2.6 26.84 ...
##  $ WHO.Region            : Factor w/ 6 levels "Africa","Americas",..: 3 4 1 4 1 2 2 4 6 4 ...

Kita dapat mengetahui tipe-tipe data masing-masing variabel dan nama-nama variabel dalam dataset. ### Mengecek Missing Data Missing data sangat mempengaruhi hasil analisis, pada nantinya akan kita isi atau hapus. Namun sebelumnya dicek keberadaanya terlebih dahulu dengan syntax berikut:

sapply(df, function(x) sum(is.na(x)))
##         Country.Region              Confirmed                 Deaths 
##                      0                      0                      0 
##              Recovered                 Active              New.cases 
##                      0                      0                      0 
##             New.deaths          New.recovered     Deaths...100.Cases 
##                      0                      0                      0 
##  Recovered...100.Cases Deaths...100.Recovered    Confirmed.last.week 
##                      0                      0                      0 
##         X1.week.change     X1.week...increase             WHO.Region 
##                      0                      0                      0

Untuk lebih memudahkan dalam membaca missing data, dapat ditampilkan dalam visualisasi berikut:

heatmaply_na(
  df[1:20,],
  showticklabels = c(TRUE, FALSE)
)

Hasil plot di atas berupa tampilan interaktif, yang mana bagian dengan warna hitam adalah bagian data yang hilang. Hasil plot di atas efektif untuk data dengan jumlah baris yang sedikit, untuk jumlah data yang banyak dapat digunakan sytax berikut:

vis_miss(df)

Dari ketiga hasil di atas diketahui bahwa tidak ada kolom dengan missing data ### Mengecek Outlier Outlier adalah data yang berbeda dengan data lainnya. Nilai ini kadang menjadi nilai yang penting untuk diamati, namun kadang juga menjadi gangguan pada penerapan metode Machine Learning. Pada modul ini, nantinya nilai ini akan dihapus dengan pertimbangan tertentu. Kemudian, untuk melihat apakah ada outlier atau tidak dalam suatu dataset dapat dilihat melalui boxplot berikut:

num_cols <- unlist(lapply(df, is.numeric)) #Memilih kolom bertipe numerik
df_num <- df[ , num_cols]  
boxplot(df_num)
## Warning in bplt(at[i], wid = width[i], stats = z$stats[, i], out = z$out[z$group
## == : Outlier (Inf) in boxplot 10 is not drawn

### Melihat Korelasi Data

plot_correlation(df_num)
## Warning: Removed 24 rows containing missing values (geom_text).

### Melihat Statistik data

summary(df)
##              Country.Region   Confirmed           Deaths        
##  Afghanistan        :  1    Min.   :     10   Min.   :     0.0  
##  Albania            :  1    1st Qu.:   1114   1st Qu.:    18.5  
##  Algeria            :  1    Median :   5059   Median :   108.0  
##  Andorra            :  1    Mean   :  88131   Mean   :  3497.5  
##  Angola             :  1    3rd Qu.:  40460   3rd Qu.:   734.0  
##  Antigua and Barbuda:  1    Max.   :4290259   Max.   :148011.0  
##  (Other)            :181                                        
##    Recovered             Active            New.cases         New.deaths     
##  Min.   :      0.0   Min.   :      0.0   Min.   :    0.0   Min.   :   0.00  
##  1st Qu.:    626.5   1st Qu.:    141.5   1st Qu.:    4.0   1st Qu.:   0.00  
##  Median :   2815.0   Median :   1600.0   Median :   49.0   Median :   1.00  
##  Mean   :  50631.5   Mean   :  34001.9   Mean   : 1223.0   Mean   :  28.96  
##  3rd Qu.:  22606.0   3rd Qu.:   9149.0   3rd Qu.:  419.5   3rd Qu.:   6.00  
##  Max.   :1846641.0   Max.   :2816444.0   Max.   :56336.0   Max.   :1076.00  
##                                                                             
##  New.recovered     Deaths...100.Cases Recovered...100.Cases
##  Min.   :    0.0   Min.   : 0.000     Min.   :  0.00       
##  1st Qu.:    0.0   1st Qu.: 0.945     1st Qu.: 48.77       
##  Median :   22.0   Median : 2.150     Median : 71.32       
##  Mean   :  933.8   Mean   : 3.020     Mean   : 64.82       
##  3rd Qu.:  221.0   3rd Qu.: 3.875     3rd Qu.: 86.89       
##  Max.   :33728.0   Max.   :28.560     Max.   :100.00       
##                                                            
##  Deaths...100.Recovered Confirmed.last.week X1.week.change   X1.week...increase
##  Min.   :0.00           Min.   :     10     Min.   :   -47   Min.   : -3.840   
##  1st Qu.:1.45           1st Qu.:   1052     1st Qu.:    49   1st Qu.:  2.775   
##  Median :3.62           Median :   5020     Median :   432   Median :  6.890   
##  Mean   : Inf           Mean   :  78682     Mean   :  9448   Mean   : 13.606   
##  3rd Qu.:6.44           3rd Qu.:  37080     3rd Qu.:  3172   3rd Qu.: 16.855   
##  Max.   : Inf           Max.   :3834677     Max.   :455582   Max.   :226.320   
##                                                                                
##                  WHO.Region
##  Africa               :48  
##  Americas             :35  
##  Eastern Mediterranean:22  
##  Europe               :56  
##  South-East Asia      :10  
##  Western Pacific      :16  
## 
d <- melt(df_num)
## No id variables; using all as measure variables
ggplot(d,aes(x = value)) + 
    facet_wrap(~variable,scales = "free_x") + 
    geom_histogram()
## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
## Warning: Removed 5 rows containing non-finite values (stat_bin).

Plot ini untuk melihat apakah variabel-variabel pada dataset berdistribusi normal. ### Pair Plot

pairs.panels(df_num, 
             method = "pearson", # correlation method
             hist.col = "#00AFBB",
             density = TRUE,  # show density plots
             ellipses = TRUE # show correlation ellipses
             )

Data Preprocessing

Data preprocessing ini digunakan guna menyiapkan data untuk diklasifikasi menggunakan metode SVM(Hanya Contoh).

Setelah mengetahui hasil EDA di atas maka untuk hasil yang baik diperlukan beberapa hal sebagai berikut:

  1. Menghapus kolom teks yang tidak diperlukan
  2. Mengisi NaN (jika ada data yang kosong)
  3. Melakukan pengkodean(Encoding)
  4. Menghapus outlier
  5. Karena nilai data ada yang sangat besar dan kecil maka perlu dilakukan normalisasi

Setelah data diperbaiki dilakukan langkah sebagai berikut:

  1. Memilih variabel independent dan label
  2. Membagi data menjadi data training dan data testing

[Note] * Ini hanya contoh untuk melakukan pengisian data NaN(Kosong), nama kabin mungkin menjadi penting sehingga tidak segampang itu diganti

Seleksi Kolom

df = subset(df, select = -c(Country.Region) )
head(df)
##   Confirmed Deaths Recovered Active New.cases New.deaths New.recovered
## 1     36263   1269     25198   9796       106         10            18
## 2      4880    144      2745   1991       117          6            63
## 3     27973   1163     18837   7973       616          8           749
## 4       907     52       803     52        10          0             0
## 5       950     41       242    667        18          1             0
## 6        86      3        65     18         4          0             5
##   Deaths...100.Cases Recovered...100.Cases Deaths...100.Recovered
## 1               3.50                 69.49                   5.04
## 2               2.95                 56.25                   5.25
## 3               4.16                 67.34                   6.17
## 4               5.73                 88.53                   6.48
## 5               4.32                 25.47                  16.94
## 6               3.49                 75.58                   4.62
##   Confirmed.last.week X1.week.change X1.week...increase            WHO.Region
## 1               35526            737               2.07 Eastern Mediterranean
## 2                4171            709              17.00                Europe
## 3               23691           4282              18.07                Africa
## 4                 884             23               2.60                Europe
## 5                 749            201              26.84                Africa
## 6                  76             10              13.16              Americas

Melakukan Encoding

df$WHO.Region<- unclass(df$WHO.Region)
df
##     Confirmed Deaths Recovered  Active New.cases New.deaths New.recovered
## 1       36263   1269     25198    9796       106         10            18
## 2        4880    144      2745    1991       117          6            63
## 3       27973   1163     18837    7973       616          8           749
## 4         907     52       803      52        10          0             0
## 5         950     41       242     667        18          1             0
## 6          86      3        65      18         4          0             5
## 7      167416   3059     72575   91782      4890        120          2057
## 8       37390    711     26665   10014        73          6           187
## 9       15303    167      9311    5825       368          6           137
## 10      20558    713     18246    1599        86          1            37
## 11      30446    423     23242    6781       396          6           558
## 12        382     11        91     280        40          0             0
## 13      39482    141     36110    3231       351          1           421
## 14     226225   2965    125683   97577      2772         37          1801
## 15        110      7        94       9         0          0             0
## 16      67251    538     60492    6221       119          4            67
## 17      66428   9822     17452   39154       402          1            14
## 18         48      2        26      20         0          0             0
## 19       1770     35      1036     699         0          0             0
## 20         99      0        86      13         4          0             1
## 21      71181   2647     21478   47056      1752         64           309
## 22      10498    294      4930    5274       731         14           375
## 23        739      2        63     674        53          1            11
## 24    2442375  87618   1846641  508116     23284        614         33728
## 25        141      3       138       0         0          0             0
## 26      10621    347      5585    4689       194          7           230
## 27       1100     53       926     121        14          0             6
## 28        350      6       292      52         0          0             2
## 29        378      1       301      76        17          0            22
## 30       2328     22      1550     756        21          0           103
## 31        226      0       147      79         1          0             4
## 32      17110    391     14539    2180       402          6             0
## 33     116458   8944         0  107514       682         11             0
## 34       4599     59      1546    2994         0          0             0
## 35        922     75       810      37         7          0             0
## 36     347923   9187    319954   18782      2133         75          1859
## 37      86783   4656     78869    3258       213          4             7
## 38     257101   8777    131161  117163     16306        508         11494
## 39        354      7       328      19         0          0             0
## 40       3200     54       829    2317       162          3            73
## 41       8844    208      5700    2936        13          4           190
## 42      15841    115      3824   11902       612         11            88
## 43      15655     96     10361    5198        59          0           183
## 44       4881    139      3936     806        24          3            70
## 45       2532     87      2351      94        37          0             2
## 46       1060     19       852     189         3          0             0
## 47      15516    373     11428    3715       192          2             0
## 48      13761    613     12605     543       109          0            77
## 49       5059     58      4977      24         9          0            11
## 50         18      0        18       0         0          0             0
## 51      64156   1083     30204   32869      1248         20          1601
## 52      81161   5532     34896   40733       467         17             0
## 53      92482   4652     34838   52992       420         46          1007
## 54      15035    408      7778    6849       405          8           130
## 55       3071     51       842    2178         0          0             0
## 56        265      0       191      74         2          0             2
## 57       2034     69      1923      42         0          0             1
## 58       2316     34      1025    1257       109          2            39
## 59      14547    228      6386    7933       579          5           170
## 60         27      0        18       9         0          0             0
## 61       7398    329      6920     149         5          0             0
## 62     220352  30212     81212  108928      2551         17           267
## 63       7189     49      4682    2458       205          0           219
## 64        326      8        66     252        49          2             6
## 65       1137     16       922     199         6          0             2
## 66     207112   9125    190314    7673       445          1           259
## 67      33624    168     29801    3655       655          0           307
## 68       4227    202      1374    2651        34          0             0
## 69         14      0        13       1         1          0             0
## 70         23      0        23       0         0          0             0
## 71      45309   1761     32455   11093       256         27           843
## 72       7055     45      6257     753        47          2           105
## 73       1954     26       803    1125         0          0             0
## 74        389     20       181     188        19          0             0
## 75       7340    158      4365    2817        25          1             0
## 76         12      0        12       0         0          0             0
## 77      39741   1166      5039   33536       465         50           117
## 78       4448    596      3329     523        13          0             0
## 79       1854     10      1823      21         7          0             0
## 80    1480073  33408    951166  495499     44457        637         33598
## 81     100303   4838     58173   37292      1525         57          1518
## 82     293606  15912    255144   22550      2434        212          1931
## 83     112585   4458     77144   30983      2553         96          1927
## 84      25892   1764     23364     764        11          0             0
## 85      63985    474     27133   36378      2029          4           108
## 86     246286  35112    198593   12581       168          5           147
## 87        853     10       714     129        11          0             0
## 88      31142    998     21970    8174       594          0           364
## 89       1176     11      1041     124         8          0             0
## 90      84648    585     54404   29659      1526          0          1833
## 91      17975    285      7833    9857       372          5            90
## 92       7413    185      4027    3201       496         16           274
## 93      64379    438     55057    8884       606          5           684
## 94      33296   1301     21205   10790       483         24           817
## 95         20      0        19       1         0          0             0
## 96       1219     31      1045     143         0          0             0
## 97       3882     51      1709    2122       132          0            17
## 98        505     12       128     365         0          0             0
## 99       1167     72       646     449         5          0             5
## 100      2827     64       577    2186       158          4            24
## 101        86      1        81       4         0          0             0
## 102      2019     80      1620     319        11          0             4
## 103      6321    112      4825    1384        49          0           178
## 104      9690     91      6260    3339       395          6           681
## 105      3664     99      1645    1920        24          0             6
## 106      8904    124      8601     179         7          0             1
## 107      3369     15      2547     807        67          0            19
## 108      2513    124      1913     476         3          1             2
## 109       701      9       665      27         1          0             0
## 110      6208    156      4653    1399        37          0           223
## 111       344     10       332       2         0          0             0
## 112    395489  44022    303810   47657      4973        342          8588
## 113     23154    748     16154    6252       120         13           245
## 114       116      4       104       8         0          0             0
## 115       289      0       222      67         1          0             4
## 116      2893     45       809    2039        94          2            70
## 117     20887    316     16553    4018       609          3           115
## 118      1701     11         0    1690        32          0             0
## 119      1843      8       101    1734        68          0            26
## 120     18752     48     13754    4950       139          3           626
## 121     53413   6160       189   47064       419          1             0
## 122      1557     22      1514      21         1          0             1
## 123      3439    108      2492     839         0          0             0
## 124      1132     69      1027      36         0          0             0
## 125     41180    860     18203   22117       648          2           829
## 126     10213    466      5564    4183       127          6           137
## 127      9132    255      8752     125        15          0             0
## 128     77058    393     57028   19637      1053          9          1729
## 129    274289   5842    241026   27421      1176         20          3592
## 130     61442   1322     35086   25034      1146         28           955
## 131        62      0        11      51         0          0             0
## 132      4548     43      2905    1600       104          2           111
## 133    389717  18418    272547   98752     13756        575          4697
## 134     82040   1945     26446   53649      1592         13           336
## 135     43402   1676     32856    8870       337          5           103
## 136     50299   1719     35375   13205       135          2           158
## 137    109597    165    106328    3104       292          0           304
## 138     45902   2206     25794   17902      1104         19           151
## 139    816680  13334    602249  201097      5607         85          3077
## 140      1879      5       975     899        58          0            57
## 141        17      0        15       2         0          0             0
## 142        24      0        22       2         0          0             0
## 143        52      0        39      13         0          0             0
## 144       699     42       657       0         0          0             0
## 145       865     14       734     117         2          0            38
## 146    268934   2760    222936   43238      1993         27          2613
## 147      9764    194      6477    3093        83          3            68
## 148     24141    543         0   23598       411          9             0
## 149       114      0        39      75         0          0             0
## 150      1783     66      1317     400         0          0             4
## 151     50838     27     45692    5119       469          0           171
## 152      2181     28      1616     537         2          0            39
## 153      2087    116      1733     238         5          0            55
## 154      3196     93      1543    1560        18          0            22
## 155    452529   7067    274925  170537      7096        298          9848
## 156     14203    300     13007     896        28          1           102
## 157      2305     46      1175    1084        43          1             0
## 158    272421  28432    150376   93613         0          0             0
## 159      2805     11      2121     673        23          0            15
## 160     11424    720      5939    4765        39          3            49
## 161      1483     24       925     534        44          1            35
## 162     79395   5700         0   73695       398          3             0
## 163     34477   1978     30900    1599        65          1           200
## 164       674     40         0     634        24          2             0
## 165       462      7       440      15         4          0             0
## 166      7235     60      6028    1147        43          1            58
## 167       509     21       183     305         0          0             0
## 168      3297     58      3111     128         6          0             2
## 169        24      0         0      24         0          0             0
## 170       874     18       607     249         6          0             8
## 171       148      8       128      12         1          0             0
## 172      1455     50      1157     248         3          0            15
## 173    227019   5630    210469   10920       919         17           982
## 174   4290259 148011   1325804 2816444     56336       1076         27941
## 175      1128      2       986     140        13          0             4
## 176     67096   1636     37202   28258       835         11           317
## 177     59177    345     52510    6322       264          1           328
## 178    301708  45844      1437  254427       688          7             3
## 179      1202     35       951     216        10          1             3
## 180     21209    121     11674    9414       678          5           569
## 181     15988    146      9959    5883       525          4           213
## 182       431      0       365      66        11          0             0
## 183     10621     78      3752    6791       152          2             0
## 184        10      1         8       1         0          0             0
## 185      1691    483       833     375        10          4            36
## 186      4552    140      2815    1597        71          1           465
## 187      2704     36       542    2126       192          2            24
##     Deaths...100.Cases Recovered...100.Cases Deaths...100.Recovered
## 1                 3.50                 69.49                   5.04
## 2                 2.95                 56.25                   5.25
## 3                 4.16                 67.34                   6.17
## 4                 5.73                 88.53                   6.48
## 5                 4.32                 25.47                  16.94
## 6                 3.49                 75.58                   4.62
## 7                 1.83                 43.35                   4.21
## 8                 1.90                 71.32                   2.67
## 9                 1.09                 60.84                   1.79
## 10                3.47                 88.75                   3.91
## 11                1.39                 76.34                   1.82
## 12                2.88                 23.82                  12.09
## 13                0.36                 91.46                   0.39
## 14                1.31                 55.56                   2.36
## 15                6.36                 85.45                   7.45
## 16                0.80                 89.95                   0.89
## 17               14.79                 26.27                  56.28
## 18                4.17                 54.17                   7.69
## 19                1.98                 58.53                   3.38
## 20                0.00                 86.87                   0.00
## 21                3.72                 30.17                  12.32
## 22                2.80                 46.96                   5.96
## 23                0.27                  8.53                   3.17
## 24                3.59                 75.61                   4.74
## 25                2.13                 97.87                   2.17
## 26                3.27                 52.58                   6.21
## 27                4.82                 84.18                   5.72
## 28                1.71                 83.43                   2.05
## 29                0.26                 79.63                   0.33
## 30                0.95                 66.58                   1.42
## 31                0.00                 65.04                   0.00
## 32                2.29                 84.97                   2.69
## 33                7.68                  0.00                    Inf
## 34                1.28                 33.62                   3.82
## 35                8.13                 87.85                   9.26
## 36                2.64                 91.96                   2.87
## 37                5.37                 90.88                   5.90
## 38                3.41                 51.02                   6.69
## 39                1.98                 92.66                   2.13
## 40                1.69                 25.91                   6.51
## 41                2.35                 64.45                   3.65
## 42                0.73                 24.14                   3.01
## 43                0.61                 66.18                   0.93
## 44                2.85                 80.64                   3.53
## 45                3.44                 92.85                   3.70
## 46                1.79                 80.38                   2.23
## 47                2.40                 73.65                   3.26
## 48                4.45                 91.60                   4.86
## 49                1.15                 98.38                   1.17
## 50                0.00                100.00                   0.00
## 51                1.69                 47.08                   3.59
## 52                6.82                 43.00                  15.85
## 53                5.03                 37.67                  13.35
## 54                2.71                 51.73                   5.25
## 55                1.66                 27.42                   6.06
## 56                0.00                 72.08                   0.00
## 57                3.39                 94.54                   3.59
## 58                1.47                 44.26                   3.32
## 59                1.57                 43.90                   3.57
## 60                0.00                 66.67                   0.00
## 61                4.45                 93.54                   4.75
## 62               13.71                 36.86                  37.20
## 63                0.68                 65.13                   1.05
## 64                2.45                 20.25                  12.12
## 65                1.41                 81.09                   1.74
## 66                4.41                 91.89                   4.79
## 67                0.50                 88.63                   0.56
## 68                4.78                 32.51                  14.70
## 69                0.00                 92.86                   0.00
## 70                0.00                100.00                   0.00
## 71                3.89                 71.63                   5.43
## 72                0.64                 88.69                   0.72
## 73                1.33                 41.10                   3.24
## 74                5.14                 46.53                  11.05
## 75                2.15                 59.47                   3.62
## 76                0.00                100.00                   0.00
## 77                2.93                 12.68                  23.14
## 78               13.40                 74.84                  17.90
## 79                0.54                 98.33                   0.55
## 80                2.26                 64.26                   3.51
## 81                4.82                 58.00                   8.32
## 82                5.42                 86.90                   6.24
## 83                3.96                 68.52                   5.78
## 84                6.81                 90.24                   7.55
## 85                0.74                 42.41                   1.75
## 86               14.26                 80.64                  17.68
## 87                1.17                 83.70                   1.40
## 88                3.20                 70.55                   4.54
## 89                0.94                 88.52                   1.06
## 90                0.69                 64.27                   1.08
## 91                1.59                 43.58                   3.64
## 92                2.50                 54.32                   4.59
## 93                0.68                 85.52                   0.80
## 94                3.91                 63.69                   6.14
## 95                0.00                 95.00                   0.00
## 96                2.54                 85.73                   2.97
## 97                1.31                 44.02                   2.98
## 98                2.38                 25.35                   9.38
## 99                6.17                 55.36                  11.15
## 100               2.26                 20.41                  11.09
## 101               1.16                 94.19                   1.23
## 102               3.96                 80.24                   4.94
## 103               1.77                 76.33                   2.32
## 104               0.94                 64.60                   1.45
## 105               2.70                 44.90                   6.02
## 106               1.39                 96.60                   1.44
## 107               0.45                 75.60                   0.59
## 108               4.93                 76.12                   6.48
## 109               1.28                 94.86                   1.35
## 110               2.51                 74.95                   3.35
## 111               2.91                 96.51                   3.01
## 112              11.13                 76.82                  14.49
## 113               3.23                 69.77                   4.63
## 114               3.45                 89.66                   3.85
## 115               0.00                 76.82                   0.00
## 116               1.56                 27.96                   5.56
## 117               1.51                 79.25                   1.91
## 118               0.65                  0.00                    Inf
## 119               0.43                  5.48                   7.92
## 120               0.26                 73.35                   0.35
## 121              11.53                  0.35                3259.26
## 122               1.41                 97.24                   1.45
## 123               3.14                 72.46                   4.33
## 124               6.10                 90.72                   6.72
## 125               2.09                 44.20                   4.72
## 126               4.56                 54.48                   8.38
## 127               2.79                 95.84                   2.91
## 128               0.51                 74.01                   0.69
## 129               2.13                 87.87                   2.42
## 130               2.15                 57.10                   3.77
## 131               0.00                 17.74                   0.00
## 132               0.95                 63.87                   1.48
## 133               4.73                 69.93                   6.76
## 134               2.37                 32.24                   7.35
## 135               3.86                 75.70                   5.10
## 136               3.42                 70.33                   4.86
## 137               0.15                 97.02                   0.16
## 138               4.81                 56.19                   8.55
## 139               1.63                 73.74                   2.21
## 140               0.27                 51.89                   0.51
## 141               0.00                 88.24                   0.00
## 142               0.00                 91.67                   0.00
## 143               0.00                 75.00                   0.00
## 144               6.01                 93.99                   6.39
## 145               1.62                 84.86                   1.91
## 146               1.03                 82.90                   1.24
## 147               1.99                 66.34                   3.00
## 148               2.25                  0.00                    Inf
## 149               0.00                 34.21                   0.00
## 150               3.70                 73.86                   5.01
## 151               0.05                 89.88                   0.06
## 152               1.28                 74.09                   1.73
## 153               5.56                 83.04                   6.69
## 154               2.91                 48.28                   6.03
## 155               1.56                 60.75                   2.57
## 156               2.11                 91.58                   2.31
## 157               2.00                 50.98                   3.91
## 158              10.44                 55.20                  18.91
## 159               0.39                 75.61                   0.52
## 160               6.30                 51.99                  12.12
## 161               1.62                 62.37                   2.59
## 162               7.18                  0.00                    Inf
## 163               5.74                 89.62                   6.40
## 164               5.93                  0.00                    Inf
## 165               1.52                 95.24                   1.59
## 166               0.83                 83.32                   1.00
## 167               4.13                 35.95                  11.48
## 168               1.76                 94.36                   1.86
## 169               0.00                  0.00                   0.00
## 170               2.06                 69.45                   2.97
## 171               5.41                 86.49                   6.25
## 172               3.44                 79.52                   4.32
## 173               2.48                 92.71                   2.67
## 174               3.45                 30.90                  11.16
## 175               0.18                 87.41                   0.20
## 176               2.44                 55.45                   4.40
## 177               0.58                 88.73                   0.66
## 178              15.19                  0.48                3190.26
## 179               2.91                 79.12                   3.68
## 180               0.57                 55.04                   1.04
## 181               0.91                 62.29                   1.47
## 182               0.00                 84.69                   0.00
## 183               0.73                 35.33                   2.08
## 184              10.00                 80.00                  12.50
## 185              28.56                 49.26                  57.98
## 186               3.08                 61.84                   4.97
## 187               1.33                 20.04                   6.64
##     Confirmed.last.week X1.week.change X1.week...increase WHO.Region
## 1                 35526            737               2.07          3
## 2                  4171            709              17.00          4
## 3                 23691           4282              18.07          1
## 4                   884             23               2.60          4
## 5                   749            201              26.84          1
## 6                    76             10              13.16          2
## 7                130774          36642              28.02          2
## 8                 34981           2409               6.89          4
## 9                 12428           2875              23.13          6
## 10                19743            815               4.13          4
## 11                27890           2556               9.16          4
## 12                  174            208             119.54          2
## 13                36936           2546               6.89          3
## 14               207453          18772               9.05          5
## 15                  106              4               3.77          2
## 16                66213           1038               1.57          4
## 17                64094           2334               3.64          4
## 18                   40              8              20.00          2
## 19                 1602            168              10.49          1
## 20                   90              9              10.00          5
## 21                60991          10190              16.71          2
## 22                 8479           2019              23.81          4
## 23                  522            217              41.57          1
## 24              2118646         323729              15.28          2
## 25                  141              0               0.00          6
## 26                 8929           1692              18.95          4
## 27                 1065             35               3.29          1
## 28                  341              9               2.64          5
## 29                  322             56              17.39          1
## 30                 2071            257              12.41          1
## 31                  171             55              32.16          6
## 32                16157            953               5.90          1
## 33               112925           3533               3.13          2
## 34                 4548             51               1.12          1
## 35                  889             33               3.71          1
## 36               333029          14894               4.47          2
## 37                85622           1161               1.36          6
## 38               204005          53096              26.03          2
## 39                  334             20               5.99          1
## 40                 2851            349              12.24          1
## 41                 8443            401               4.75          1
## 42                11534           4307              37.34          2
## 43                14312           1343               9.38          1
## 44                 4370            511              11.69          4
## 45                 2446             86               3.52          2
## 46                 1038             22               2.12          4
## 47                14098           1418              10.06          4
## 48                13453            308               2.29          4
## 49                 5020             39               0.78          3
## 50                   18              0               0.00          2
## 51                53956          10200              18.90          2
## 52                74620           6541               8.77          2
## 53                88402           4080               4.62          3
## 54                12207           2828              23.17          2
## 55                 3071              0               0.00          1
## 56                  251             14               5.58          1
## 57                 2021             13               0.64          4
## 58                 1826            490              26.83          1
## 59                10207           4340              42.52          1
## 60                   27              0               0.00          6
## 61                 7340             58               0.79          4
## 62               214023           6329               2.96          4
## 63                 6433            756              11.75          1
## 64                  112            214             191.07          1
## 65                 1039             98               9.43          4
## 66               203325           3787               1.86          4
## 67                28430           5194              18.27          1
## 68                 4012            215               5.36          4
## 69                   13              1               7.69          4
## 70                   23              0               0.00          2
## 71                39039           6270              16.06          2
## 72                 6590            465               7.06          1
## 73                 1949              5               0.26          1
## 74                  337             52              15.43          2
## 75                 7053            287               4.07          2
## 76                   12              0               0.00          4
## 77                34611           5130              14.82          2
## 78                 4339            109               2.51          4
## 79                 1839             15               0.82          4
## 80              1155338         324735              28.11          5
## 81                88214          12089              13.70          5
## 82               276202          17404               6.30          3
## 83                94693          17892              18.89          3
## 84                25766            126               0.49          4
## 85                52003          11982              23.04          4
## 86               244624           1662               0.68          4
## 87                  809             44               5.44          2
## 88                25706           5436              21.15          6
## 89                 1223            -47              -3.84          3
## 90                73468          11180              15.22          4
## 91                13771           4204              30.53          1
## 92                 5877           1536              26.14          4
## 93                59763           4616               7.72          3
## 94                27143           6153              22.67          4
## 95                   19              1               5.26          6
## 96                 1192             27               2.27          4
## 97                 2905            977              33.63          3
## 98                  359            146              40.67          1
## 99                 1107             60               5.42          1
## 100                1980            847              42.78          3
## 101                  86              0               0.00          4
## 102                1947             72               3.70          4
## 103                5639            682              12.09          4
## 104                7153           2537              35.47          1
## 105                2992            672              22.46          1
## 106                8800            104               1.18          6
## 107                2999            370              12.34          5
## 108                2475             38               1.54          1
## 109                 677             24               3.55          4
## 110                5923            285               4.81          1
## 111                 343              1               0.29          1
## 112              349396          46093              13.19          2
## 113               21115           2039               9.66          4
## 114                 109              7               6.42          4
## 115                 287              2               0.70          6
## 116                2188            705              32.22          4
## 117               17562           3325              18.93          3
## 118                1507            194              12.87          1
## 119                1344            499              37.13          1
## 120               17844            908               5.09          5
## 121               52132           1281               2.46          4
## 122                1555              2               0.13          6
## 123                3147            292               9.28          2
## 124                1105             27               2.44          1
## 125               37225           3955              10.62          1
## 126                9249            964              10.42          4
## 127                9034             98               1.08          4
## 128               68400           8658              12.66          3
## 129              266096           8193               3.08          3
## 130               54426           7016              12.89          2
## 131                  19             43             226.32          6
## 132                3748            800              21.34          2
## 133              357681          32036               8.96          2
## 134               68898          13142              19.07          6
## 135               40383           3019               7.48          4
## 136               48771           1528               3.13          4
## 137              107037           2560               2.39          3
## 138               38139           7763              20.35          4
## 139              776212          40468               5.21          4
## 140                1629            250              15.35          1
## 141                  17              0               0.00          2
## 142                  23              1               4.35          2
## 143                  50              2               4.00          2
## 144                 699              0               0.00          4
## 145                 746            119              15.95          1
## 146              253349          15585               6.15          3
## 147                8948            816               9.12          1
## 148               21253           2888              13.59          4
## 149                 108              6               5.56          1
## 150                1711             72               4.21          1
## 151               48035           2803               5.84          6
## 152                1980            201              10.15          4
## 153                1953            134               6.86          4
## 154                3130             66               2.11          3
## 155              373628          78901              21.12          1
## 156               13816            387               2.80          6
## 157                2211             94               4.25          1
## 158              264836           7585               2.86          4
## 159                2730             75               2.75          5
## 160               10992            432               3.93          3
## 161                1079            404              37.44          2
## 162               78048           1347               1.73          4
## 163               33634            843               2.51          4
## 164                 522            152              29.12          3
## 165                 451             11               2.44          6
## 166                6921            314               4.54          4
## 167                 509              0               0.00          1
## 168                3250             47               1.45          5
## 169                  24              0               0.00          5
## 170                 783             91              11.62          1
## 171                 137             11               8.03          2
## 172                1381             74               5.36          3
## 173              220572           6447               2.92          4
## 174             3834677         455582              11.88          2
## 175                1069             59               5.52          1
## 176               60767           6329              10.42          4
## 177               57193           1984               3.47          3
## 178              296944           4764               1.60          4
## 179                1064            138              12.97          2
## 180               17149           4060              23.67          4
## 181               12334           3654              29.63          2
## 182                 384             47              12.24          6
## 183                8916           1705              19.12          3
## 184                  10              0               0.00          1
## 185                1619             72               4.45          3
## 186                3326           1226              36.86          1
## 187                1713            991              57.85          1

Menghapus Outlier

#' Detect outliers using IQR method
#' 
#' @param x A numeric vector
#' @param na.rm Whether to exclude NAs when computing quantiles
#' 
is_outlier <- function(x, na.rm = FALSE) {
  qs = quantile(x, probs = c(0.25, 0.75), na.rm = na.rm)

  lowerq <- qs[1]
  upperq <- qs[2]
  iqr = upperq - lowerq 

  extreme.threshold.upper = (iqr * 3) + upperq
  extreme.threshold.lower = lowerq - (iqr * 3)

  # Return logical vector
  x > extreme.threshold.upper | x < extreme.threshold.lower
}

#' Remove rows with outliers in given columns
#' 
#' Any row with at least 1 outlier will be removed
#' 
#' @param df A data.frame
#' @param cols Names of the columns of interest. Defaults to all columns.
#' 
#' 
remove_outliers <- function(df, cols = names(df)) {
  for (col in cols) {
    cat("Removing outliers in column: ", col, " \n")
    df <- df[!is_outlier(df[[col]]),]
  }
  df
}


vars_of_interest <- c("Country.Region", "Confirmed", "Deaths", "Recovered","Active","New.cases","New.deaths","New.recovered","Deaths...100.Cases","Recovered...100.Cases","Deaths...100.Recovered","Confirmed.last.week","X1.week.change","X1.week...increase","WHO.Region")

df_filtered <- remove_outliers(df, vars_of_interest)
## Removing outliers in column:  Country.Region  
## Removing outliers in column:  Confirmed  
## Removing outliers in column:  Deaths  
## Removing outliers in column:  Recovered  
## Removing outliers in column:  Active  
## Removing outliers in column:  New.cases  
## Removing outliers in column:  New.deaths  
## Removing outliers in column:  New.recovered  
## Removing outliers in column:  Deaths...100.Cases  
## Removing outliers in column:  Recovered...100.Cases  
## Removing outliers in column:  Deaths...100.Recovered  
## Removing outliers in column:  Confirmed.last.week  
## Removing outliers in column:  X1.week.change  
## Removing outliers in column:  X1.week...increase  
## Removing outliers in column:  WHO.Region

Normalisasi Data

unit_length <- function(x) {
                            x / sqrt(sum(x^2))
                            }
unit_length_df <- as.data.frame(lapply(df, unit_length))

head(unit_length_df)
##      Confirmed       Deaths    Recovered       Active    New.cases   New.deaths
## 1 6.759322e-03 6.404015e-03 9.385989e-03 3.324846e-03 1.330747e-03 0.0059371882
## 2 9.096184e-04 7.266967e-04 1.022484e-03 6.757624e-04 1.468843e-03 0.0035623129
## 3 5.214089e-03 5.869085e-03 7.016584e-03 2.706104e-03 7.733398e-03 0.0047497506
## 4 1.690623e-04 2.624183e-04 2.991090e-04 1.764924e-05 1.255422e-04 0.0000000000
## 5 1.770773e-04 2.069067e-04 9.014245e-05 2.263855e-04 2.259759e-04 0.0005937188
## 6 1.603016e-05 1.513951e-05 2.421181e-05 6.109353e-06 5.021687e-05 0.0000000000
##   New.recovered Deaths...100.Cases Recovered...100.Cases Deaths...100.Recovered
## 1  3.068732e-04         0.05587063            0.07267571                      0
## 2  1.074056e-03         0.04709096            0.05882874                      0
## 3  1.276934e-02         0.06640623            0.07042715                      0
## 4  0.000000e+00         0.09146820            0.09258859                      0
## 5  0.000000e+00         0.06896032            0.02663765                      0
## 6  8.524256e-05         0.05571100            0.07904490                      0
##   Confirmed.last.week X1.week.change X1.week...increase WHO.Region
## 1        7.499292e-03   1.115899e-03        0.005410859 0.06534103
## 2        8.804691e-04   1.073504e-03        0.044437003 0.08712137
## 3        5.001005e-03   6.483416e-03        0.047233920 0.02178034
## 4        1.866063e-04   3.482451e-05        0.006796247 0.08712137
## 5        1.581087e-04   3.043360e-04        0.070158185 0.02178034
## 6        1.604307e-05   1.514109e-05        0.034399468 0.04356068

Memilih Variabel Target dan Variabel Independent

y=df$WHO.Region
x=data.matrix(df[-c(14)])
y
##   [1] 3 4 1 4 1 2 2 4 6 4 4 2 3 5 2 4 4 2 1 5 2 4 1 2 6 4 1 5 1 1 6 1 2 1 1 2 6
##  [38] 2 1 1 1 2 1 4 2 4 4 4 3 2 2 2 3 2 1 1 4 1 1 6 4 4 1 1 4 4 1 4 4 2 2 1 1 2
##  [75] 2 4 2 4 4 5 5 3 3 4 4 4 2 6 3 4 1 4 3 4 6 4 3 1 1 3 4 4 4 1 1 6 5 1 4 1 1
## [112] 2 4 4 6 4 3 1 1 5 4 6 2 1 1 4 4 3 3 2 6 2 2 6 4 4 3 4 4 1 2 2 2 4 1 3 1 4
## [149] 1 1 6 4 4 3 1 6 1 4 5 3 2 4 4 3 6 4 1 5 5 1 2 3 4 2 1 4 3 4 2 4 2 6 3 1 3
## [186] 1 1
## attr(,"levels")
## [1] "Africa"                "Americas"              "Eastern Mediterranean"
## [4] "Europe"                "South-East Asia"       "Western Pacific"
x
##     Confirmed Deaths Recovered  Active New.cases New.deaths New.recovered
## 1       36263   1269     25198    9796       106         10            18
## 2        4880    144      2745    1991       117          6            63
## 3       27973   1163     18837    7973       616          8           749
## 4         907     52       803      52        10          0             0
## 5         950     41       242     667        18          1             0
## 6          86      3        65      18         4          0             5
## 7      167416   3059     72575   91782      4890        120          2057
## 8       37390    711     26665   10014        73          6           187
## 9       15303    167      9311    5825       368          6           137
## 10      20558    713     18246    1599        86          1            37
## 11      30446    423     23242    6781       396          6           558
## 12        382     11        91     280        40          0             0
## 13      39482    141     36110    3231       351          1           421
## 14     226225   2965    125683   97577      2772         37          1801
## 15        110      7        94       9         0          0             0
## 16      67251    538     60492    6221       119          4            67
## 17      66428   9822     17452   39154       402          1            14
## 18         48      2        26      20         0          0             0
## 19       1770     35      1036     699         0          0             0
## 20         99      0        86      13         4          0             1
## 21      71181   2647     21478   47056      1752         64           309
## 22      10498    294      4930    5274       731         14           375
## 23        739      2        63     674        53          1            11
## 24    2442375  87618   1846641  508116     23284        614         33728
## 25        141      3       138       0         0          0             0
## 26      10621    347      5585    4689       194          7           230
## 27       1100     53       926     121        14          0             6
## 28        350      6       292      52         0          0             2
## 29        378      1       301      76        17          0            22
## 30       2328     22      1550     756        21          0           103
## 31        226      0       147      79         1          0             4
## 32      17110    391     14539    2180       402          6             0
## 33     116458   8944         0  107514       682         11             0
## 34       4599     59      1546    2994         0          0             0
## 35        922     75       810      37         7          0             0
## 36     347923   9187    319954   18782      2133         75          1859
## 37      86783   4656     78869    3258       213          4             7
## 38     257101   8777    131161  117163     16306        508         11494
## 39        354      7       328      19         0          0             0
## 40       3200     54       829    2317       162          3            73
## 41       8844    208      5700    2936        13          4           190
## 42      15841    115      3824   11902       612         11            88
## 43      15655     96     10361    5198        59          0           183
## 44       4881    139      3936     806        24          3            70
## 45       2532     87      2351      94        37          0             2
## 46       1060     19       852     189         3          0             0
## 47      15516    373     11428    3715       192          2             0
## 48      13761    613     12605     543       109          0            77
## 49       5059     58      4977      24         9          0            11
## 50         18      0        18       0         0          0             0
## 51      64156   1083     30204   32869      1248         20          1601
## 52      81161   5532     34896   40733       467         17             0
## 53      92482   4652     34838   52992       420         46          1007
## 54      15035    408      7778    6849       405          8           130
## 55       3071     51       842    2178         0          0             0
## 56        265      0       191      74         2          0             2
## 57       2034     69      1923      42         0          0             1
## 58       2316     34      1025    1257       109          2            39
## 59      14547    228      6386    7933       579          5           170
## 60         27      0        18       9         0          0             0
## 61       7398    329      6920     149         5          0             0
## 62     220352  30212     81212  108928      2551         17           267
## 63       7189     49      4682    2458       205          0           219
## 64        326      8        66     252        49          2             6
## 65       1137     16       922     199         6          0             2
## 66     207112   9125    190314    7673       445          1           259
## 67      33624    168     29801    3655       655          0           307
## 68       4227    202      1374    2651        34          0             0
## 69         14      0        13       1         1          0             0
## 70         23      0        23       0         0          0             0
## 71      45309   1761     32455   11093       256         27           843
## 72       7055     45      6257     753        47          2           105
## 73       1954     26       803    1125         0          0             0
## 74        389     20       181     188        19          0             0
## 75       7340    158      4365    2817        25          1             0
## 76         12      0        12       0         0          0             0
## 77      39741   1166      5039   33536       465         50           117
## 78       4448    596      3329     523        13          0             0
## 79       1854     10      1823      21         7          0             0
## 80    1480073  33408    951166  495499     44457        637         33598
## 81     100303   4838     58173   37292      1525         57          1518
## 82     293606  15912    255144   22550      2434        212          1931
## 83     112585   4458     77144   30983      2553         96          1927
## 84      25892   1764     23364     764        11          0             0
## 85      63985    474     27133   36378      2029          4           108
## 86     246286  35112    198593   12581       168          5           147
## 87        853     10       714     129        11          0             0
## 88      31142    998     21970    8174       594          0           364
## 89       1176     11      1041     124         8          0             0
## 90      84648    585     54404   29659      1526          0          1833
## 91      17975    285      7833    9857       372          5            90
## 92       7413    185      4027    3201       496         16           274
## 93      64379    438     55057    8884       606          5           684
## 94      33296   1301     21205   10790       483         24           817
## 95         20      0        19       1         0          0             0
## 96       1219     31      1045     143         0          0             0
## 97       3882     51      1709    2122       132          0            17
## 98        505     12       128     365         0          0             0
## 99       1167     72       646     449         5          0             5
## 100      2827     64       577    2186       158          4            24
## 101        86      1        81       4         0          0             0
## 102      2019     80      1620     319        11          0             4
## 103      6321    112      4825    1384        49          0           178
## 104      9690     91      6260    3339       395          6           681
## 105      3664     99      1645    1920        24          0             6
## 106      8904    124      8601     179         7          0             1
## 107      3369     15      2547     807        67          0            19
## 108      2513    124      1913     476         3          1             2
## 109       701      9       665      27         1          0             0
## 110      6208    156      4653    1399        37          0           223
## 111       344     10       332       2         0          0             0
## 112    395489  44022    303810   47657      4973        342          8588
## 113     23154    748     16154    6252       120         13           245
## 114       116      4       104       8         0          0             0
## 115       289      0       222      67         1          0             4
## 116      2893     45       809    2039        94          2            70
## 117     20887    316     16553    4018       609          3           115
## 118      1701     11         0    1690        32          0             0
## 119      1843      8       101    1734        68          0            26
## 120     18752     48     13754    4950       139          3           626
## 121     53413   6160       189   47064       419          1             0
## 122      1557     22      1514      21         1          0             1
## 123      3439    108      2492     839         0          0             0
## 124      1132     69      1027      36         0          0             0
## 125     41180    860     18203   22117       648          2           829
## 126     10213    466      5564    4183       127          6           137
## 127      9132    255      8752     125        15          0             0
## 128     77058    393     57028   19637      1053          9          1729
## 129    274289   5842    241026   27421      1176         20          3592
## 130     61442   1322     35086   25034      1146         28           955
## 131        62      0        11      51         0          0             0
## 132      4548     43      2905    1600       104          2           111
## 133    389717  18418    272547   98752     13756        575          4697
## 134     82040   1945     26446   53649      1592         13           336
## 135     43402   1676     32856    8870       337          5           103
## 136     50299   1719     35375   13205       135          2           158
## 137    109597    165    106328    3104       292          0           304
## 138     45902   2206     25794   17902      1104         19           151
## 139    816680  13334    602249  201097      5607         85          3077
## 140      1879      5       975     899        58          0            57
## 141        17      0        15       2         0          0             0
## 142        24      0        22       2         0          0             0
## 143        52      0        39      13         0          0             0
## 144       699     42       657       0         0          0             0
## 145       865     14       734     117         2          0            38
## 146    268934   2760    222936   43238      1993         27          2613
## 147      9764    194      6477    3093        83          3            68
## 148     24141    543         0   23598       411          9             0
## 149       114      0        39      75         0          0             0
## 150      1783     66      1317     400         0          0             4
## 151     50838     27     45692    5119       469          0           171
## 152      2181     28      1616     537         2          0            39
## 153      2087    116      1733     238         5          0            55
## 154      3196     93      1543    1560        18          0            22
## 155    452529   7067    274925  170537      7096        298          9848
## 156     14203    300     13007     896        28          1           102
## 157      2305     46      1175    1084        43          1             0
## 158    272421  28432    150376   93613         0          0             0
## 159      2805     11      2121     673        23          0            15
## 160     11424    720      5939    4765        39          3            49
## 161      1483     24       925     534        44          1            35
## 162     79395   5700         0   73695       398          3             0
## 163     34477   1978     30900    1599        65          1           200
## 164       674     40         0     634        24          2             0
## 165       462      7       440      15         4          0             0
## 166      7235     60      6028    1147        43          1            58
## 167       509     21       183     305         0          0             0
## 168      3297     58      3111     128         6          0             2
## 169        24      0         0      24         0          0             0
## 170       874     18       607     249         6          0             8
## 171       148      8       128      12         1          0             0
## 172      1455     50      1157     248         3          0            15
## 173    227019   5630    210469   10920       919         17           982
## 174   4290259 148011   1325804 2816444     56336       1076         27941
## 175      1128      2       986     140        13          0             4
## 176     67096   1636     37202   28258       835         11           317
## 177     59177    345     52510    6322       264          1           328
## 178    301708  45844      1437  254427       688          7             3
## 179      1202     35       951     216        10          1             3
## 180     21209    121     11674    9414       678          5           569
## 181     15988    146      9959    5883       525          4           213
## 182       431      0       365      66        11          0             0
## 183     10621     78      3752    6791       152          2             0
## 184        10      1         8       1         0          0             0
## 185      1691    483       833     375        10          4            36
## 186      4552    140      2815    1597        71          1           465
## 187      2704     36       542    2126       192          2            24
##     Deaths...100.Cases Recovered...100.Cases Deaths...100.Recovered
## 1                 3.50                 69.49                   5.04
## 2                 2.95                 56.25                   5.25
## 3                 4.16                 67.34                   6.17
## 4                 5.73                 88.53                   6.48
## 5                 4.32                 25.47                  16.94
## 6                 3.49                 75.58                   4.62
## 7                 1.83                 43.35                   4.21
## 8                 1.90                 71.32                   2.67
## 9                 1.09                 60.84                   1.79
## 10                3.47                 88.75                   3.91
## 11                1.39                 76.34                   1.82
## 12                2.88                 23.82                  12.09
## 13                0.36                 91.46                   0.39
## 14                1.31                 55.56                   2.36
## 15                6.36                 85.45                   7.45
## 16                0.80                 89.95                   0.89
## 17               14.79                 26.27                  56.28
## 18                4.17                 54.17                   7.69
## 19                1.98                 58.53                   3.38
## 20                0.00                 86.87                   0.00
## 21                3.72                 30.17                  12.32
## 22                2.80                 46.96                   5.96
## 23                0.27                  8.53                   3.17
## 24                3.59                 75.61                   4.74
## 25                2.13                 97.87                   2.17
## 26                3.27                 52.58                   6.21
## 27                4.82                 84.18                   5.72
## 28                1.71                 83.43                   2.05
## 29                0.26                 79.63                   0.33
## 30                0.95                 66.58                   1.42
## 31                0.00                 65.04                   0.00
## 32                2.29                 84.97                   2.69
## 33                7.68                  0.00                    Inf
## 34                1.28                 33.62                   3.82
## 35                8.13                 87.85                   9.26
## 36                2.64                 91.96                   2.87
## 37                5.37                 90.88                   5.90
## 38                3.41                 51.02                   6.69
## 39                1.98                 92.66                   2.13
## 40                1.69                 25.91                   6.51
## 41                2.35                 64.45                   3.65
## 42                0.73                 24.14                   3.01
## 43                0.61                 66.18                   0.93
## 44                2.85                 80.64                   3.53
## 45                3.44                 92.85                   3.70
## 46                1.79                 80.38                   2.23
## 47                2.40                 73.65                   3.26
## 48                4.45                 91.60                   4.86
## 49                1.15                 98.38                   1.17
## 50                0.00                100.00                   0.00
## 51                1.69                 47.08                   3.59
## 52                6.82                 43.00                  15.85
## 53                5.03                 37.67                  13.35
## 54                2.71                 51.73                   5.25
## 55                1.66                 27.42                   6.06
## 56                0.00                 72.08                   0.00
## 57                3.39                 94.54                   3.59
## 58                1.47                 44.26                   3.32
## 59                1.57                 43.90                   3.57
## 60                0.00                 66.67                   0.00
## 61                4.45                 93.54                   4.75
## 62               13.71                 36.86                  37.20
## 63                0.68                 65.13                   1.05
## 64                2.45                 20.25                  12.12
## 65                1.41                 81.09                   1.74
## 66                4.41                 91.89                   4.79
## 67                0.50                 88.63                   0.56
## 68                4.78                 32.51                  14.70
## 69                0.00                 92.86                   0.00
## 70                0.00                100.00                   0.00
## 71                3.89                 71.63                   5.43
## 72                0.64                 88.69                   0.72
## 73                1.33                 41.10                   3.24
## 74                5.14                 46.53                  11.05
## 75                2.15                 59.47                   3.62
## 76                0.00                100.00                   0.00
## 77                2.93                 12.68                  23.14
## 78               13.40                 74.84                  17.90
## 79                0.54                 98.33                   0.55
## 80                2.26                 64.26                   3.51
## 81                4.82                 58.00                   8.32
## 82                5.42                 86.90                   6.24
## 83                3.96                 68.52                   5.78
## 84                6.81                 90.24                   7.55
## 85                0.74                 42.41                   1.75
## 86               14.26                 80.64                  17.68
## 87                1.17                 83.70                   1.40
## 88                3.20                 70.55                   4.54
## 89                0.94                 88.52                   1.06
## 90                0.69                 64.27                   1.08
## 91                1.59                 43.58                   3.64
## 92                2.50                 54.32                   4.59
## 93                0.68                 85.52                   0.80
## 94                3.91                 63.69                   6.14
## 95                0.00                 95.00                   0.00
## 96                2.54                 85.73                   2.97
## 97                1.31                 44.02                   2.98
## 98                2.38                 25.35                   9.38
## 99                6.17                 55.36                  11.15
## 100               2.26                 20.41                  11.09
## 101               1.16                 94.19                   1.23
## 102               3.96                 80.24                   4.94
## 103               1.77                 76.33                   2.32
## 104               0.94                 64.60                   1.45
## 105               2.70                 44.90                   6.02
## 106               1.39                 96.60                   1.44
## 107               0.45                 75.60                   0.59
## 108               4.93                 76.12                   6.48
## 109               1.28                 94.86                   1.35
## 110               2.51                 74.95                   3.35
## 111               2.91                 96.51                   3.01
## 112              11.13                 76.82                  14.49
## 113               3.23                 69.77                   4.63
## 114               3.45                 89.66                   3.85
## 115               0.00                 76.82                   0.00
## 116               1.56                 27.96                   5.56
## 117               1.51                 79.25                   1.91
## 118               0.65                  0.00                    Inf
## 119               0.43                  5.48                   7.92
## 120               0.26                 73.35                   0.35
## 121              11.53                  0.35                3259.26
## 122               1.41                 97.24                   1.45
## 123               3.14                 72.46                   4.33
## 124               6.10                 90.72                   6.72
## 125               2.09                 44.20                   4.72
## 126               4.56                 54.48                   8.38
## 127               2.79                 95.84                   2.91
## 128               0.51                 74.01                   0.69
## 129               2.13                 87.87                   2.42
## 130               2.15                 57.10                   3.77
## 131               0.00                 17.74                   0.00
## 132               0.95                 63.87                   1.48
## 133               4.73                 69.93                   6.76
## 134               2.37                 32.24                   7.35
## 135               3.86                 75.70                   5.10
## 136               3.42                 70.33                   4.86
## 137               0.15                 97.02                   0.16
## 138               4.81                 56.19                   8.55
## 139               1.63                 73.74                   2.21
## 140               0.27                 51.89                   0.51
## 141               0.00                 88.24                   0.00
## 142               0.00                 91.67                   0.00
## 143               0.00                 75.00                   0.00
## 144               6.01                 93.99                   6.39
## 145               1.62                 84.86                   1.91
## 146               1.03                 82.90                   1.24
## 147               1.99                 66.34                   3.00
## 148               2.25                  0.00                    Inf
## 149               0.00                 34.21                   0.00
## 150               3.70                 73.86                   5.01
## 151               0.05                 89.88                   0.06
## 152               1.28                 74.09                   1.73
## 153               5.56                 83.04                   6.69
## 154               2.91                 48.28                   6.03
## 155               1.56                 60.75                   2.57
## 156               2.11                 91.58                   2.31
## 157               2.00                 50.98                   3.91
## 158              10.44                 55.20                  18.91
## 159               0.39                 75.61                   0.52
## 160               6.30                 51.99                  12.12
## 161               1.62                 62.37                   2.59
## 162               7.18                  0.00                    Inf
## 163               5.74                 89.62                   6.40
## 164               5.93                  0.00                    Inf
## 165               1.52                 95.24                   1.59
## 166               0.83                 83.32                   1.00
## 167               4.13                 35.95                  11.48
## 168               1.76                 94.36                   1.86
## 169               0.00                  0.00                   0.00
## 170               2.06                 69.45                   2.97
## 171               5.41                 86.49                   6.25
## 172               3.44                 79.52                   4.32
## 173               2.48                 92.71                   2.67
## 174               3.45                 30.90                  11.16
## 175               0.18                 87.41                   0.20
## 176               2.44                 55.45                   4.40
## 177               0.58                 88.73                   0.66
## 178              15.19                  0.48                3190.26
## 179               2.91                 79.12                   3.68
## 180               0.57                 55.04                   1.04
## 181               0.91                 62.29                   1.47
## 182               0.00                 84.69                   0.00
## 183               0.73                 35.33                   2.08
## 184              10.00                 80.00                  12.50
## 185              28.56                 49.26                  57.98
## 186               3.08                 61.84                   4.97
## 187               1.33                 20.04                   6.64
##     Confirmed.last.week X1.week.change X1.week...increase
## 1                 35526            737               2.07
## 2                  4171            709              17.00
## 3                 23691           4282              18.07
## 4                   884             23               2.60
## 5                   749            201              26.84
## 6                    76             10              13.16
## 7                130774          36642              28.02
## 8                 34981           2409               6.89
## 9                 12428           2875              23.13
## 10                19743            815               4.13
## 11                27890           2556               9.16
## 12                  174            208             119.54
## 13                36936           2546               6.89
## 14               207453          18772               9.05
## 15                  106              4               3.77
## 16                66213           1038               1.57
## 17                64094           2334               3.64
## 18                   40              8              20.00
## 19                 1602            168              10.49
## 20                   90              9              10.00
## 21                60991          10190              16.71
## 22                 8479           2019              23.81
## 23                  522            217              41.57
## 24              2118646         323729              15.28
## 25                  141              0               0.00
## 26                 8929           1692              18.95
## 27                 1065             35               3.29
## 28                  341              9               2.64
## 29                  322             56              17.39
## 30                 2071            257              12.41
## 31                  171             55              32.16
## 32                16157            953               5.90
## 33               112925           3533               3.13
## 34                 4548             51               1.12
## 35                  889             33               3.71
## 36               333029          14894               4.47
## 37                85622           1161               1.36
## 38               204005          53096              26.03
## 39                  334             20               5.99
## 40                 2851            349              12.24
## 41                 8443            401               4.75
## 42                11534           4307              37.34
## 43                14312           1343               9.38
## 44                 4370            511              11.69
## 45                 2446             86               3.52
## 46                 1038             22               2.12
## 47                14098           1418              10.06
## 48                13453            308               2.29
## 49                 5020             39               0.78
## 50                   18              0               0.00
## 51                53956          10200              18.90
## 52                74620           6541               8.77
## 53                88402           4080               4.62
## 54                12207           2828              23.17
## 55                 3071              0               0.00
## 56                  251             14               5.58
## 57                 2021             13               0.64
## 58                 1826            490              26.83
## 59                10207           4340              42.52
## 60                   27              0               0.00
## 61                 7340             58               0.79
## 62               214023           6329               2.96
## 63                 6433            756              11.75
## 64                  112            214             191.07
## 65                 1039             98               9.43
## 66               203325           3787               1.86
## 67                28430           5194              18.27
## 68                 4012            215               5.36
## 69                   13              1               7.69
## 70                   23              0               0.00
## 71                39039           6270              16.06
## 72                 6590            465               7.06
## 73                 1949              5               0.26
## 74                  337             52              15.43
## 75                 7053            287               4.07
## 76                   12              0               0.00
## 77                34611           5130              14.82
## 78                 4339            109               2.51
## 79                 1839             15               0.82
## 80              1155338         324735              28.11
## 81                88214          12089              13.70
## 82               276202          17404               6.30
## 83                94693          17892              18.89
## 84                25766            126               0.49
## 85                52003          11982              23.04
## 86               244624           1662               0.68
## 87                  809             44               5.44
## 88                25706           5436              21.15
## 89                 1223            -47              -3.84
## 90                73468          11180              15.22
## 91                13771           4204              30.53
## 92                 5877           1536              26.14
## 93                59763           4616               7.72
## 94                27143           6153              22.67
## 95                   19              1               5.26
## 96                 1192             27               2.27
## 97                 2905            977              33.63
## 98                  359            146              40.67
## 99                 1107             60               5.42
## 100                1980            847              42.78
## 101                  86              0               0.00
## 102                1947             72               3.70
## 103                5639            682              12.09
## 104                7153           2537              35.47
## 105                2992            672              22.46
## 106                8800            104               1.18
## 107                2999            370              12.34
## 108                2475             38               1.54
## 109                 677             24               3.55
## 110                5923            285               4.81
## 111                 343              1               0.29
## 112              349396          46093              13.19
## 113               21115           2039               9.66
## 114                 109              7               6.42
## 115                 287              2               0.70
## 116                2188            705              32.22
## 117               17562           3325              18.93
## 118                1507            194              12.87
## 119                1344            499              37.13
## 120               17844            908               5.09
## 121               52132           1281               2.46
## 122                1555              2               0.13
## 123                3147            292               9.28
## 124                1105             27               2.44
## 125               37225           3955              10.62
## 126                9249            964              10.42
## 127                9034             98               1.08
## 128               68400           8658              12.66
## 129              266096           8193               3.08
## 130               54426           7016              12.89
## 131                  19             43             226.32
## 132                3748            800              21.34
## 133              357681          32036               8.96
## 134               68898          13142              19.07
## 135               40383           3019               7.48
## 136               48771           1528               3.13
## 137              107037           2560               2.39
## 138               38139           7763              20.35
## 139              776212          40468               5.21
## 140                1629            250              15.35
## 141                  17              0               0.00
## 142                  23              1               4.35
## 143                  50              2               4.00
## 144                 699              0               0.00
## 145                 746            119              15.95
## 146              253349          15585               6.15
## 147                8948            816               9.12
## 148               21253           2888              13.59
## 149                 108              6               5.56
## 150                1711             72               4.21
## 151               48035           2803               5.84
## 152                1980            201              10.15
## 153                1953            134               6.86
## 154                3130             66               2.11
## 155              373628          78901              21.12
## 156               13816            387               2.80
## 157                2211             94               4.25
## 158              264836           7585               2.86
## 159                2730             75               2.75
## 160               10992            432               3.93
## 161                1079            404              37.44
## 162               78048           1347               1.73
## 163               33634            843               2.51
## 164                 522            152              29.12
## 165                 451             11               2.44
## 166                6921            314               4.54
## 167                 509              0               0.00
## 168                3250             47               1.45
## 169                  24              0               0.00
## 170                 783             91              11.62
## 171                 137             11               8.03
## 172                1381             74               5.36
## 173              220572           6447               2.92
## 174             3834677         455582              11.88
## 175                1069             59               5.52
## 176               60767           6329              10.42
## 177               57193           1984               3.47
## 178              296944           4764               1.60
## 179                1064            138              12.97
## 180               17149           4060              23.67
## 181               12334           3654              29.63
## 182                 384             47              12.24
## 183                8916           1705              19.12
## 184                  10              0               0.00
## 185                1619             72               4.45
## 186                3326           1226              36.86
## 187                1713            991              57.85